อาการข้างเคียงของการรักษาที่ทันตแพทย์ไม่อยากให้เกิดคืออาการปวดหลังการรักษา เพราะส่วนใหญ่ผู้รับบริการหวังอย่างยิ่งว่าเมื่อรักษารากฟันแล้วจะต้องหายจากการปวดเป็นอันดับแรกหลังการรักษารากฟันจะมีอาการปวดซึ่งแบ่งได้ 2 กรณีคือ การปวดระหว่างการรักษาและการปวดหลังจากการรักษาเสร็จสิ้นไปแล้ว
การปวดระหว่างการรักษา โดยเฉพาะอย่างยิ่งหลังการรักษาครั้งแรก เกิดขึ้นได้บ่อย ๆ อาจร่วมกับการบวมของเหงือกด้วย ส่วนมากแล้วอาการปวดหลังการรักษาครั้งแรกมักเกิดกับการรักษารากฟันในฟันที่มีอาการปวด หรือเริ่มมีอาการปวด (Acute pulpitis) หรือกำลังเริ่มจะมีการอักเสบ แต่จะไม่ค่อยเกิดในฟันที่ตายแล้ว (pulp necrosis) หรือฟันที่มีตุ่มหนอง (periapical abscess) หรือฟันที่เพิ่งทะลุโพรงประสาท ส่วนใหญ่ทันตแพทย์มักจะระมัดระวังในเรื่องการกำจัดเส้นประสาทฟันให้หมด และการขยายคลองรากฟันและการล้างคลองรากฟันโดยไม่ให้เกิดแรงดันที่จะทำให้เศษสิ่งสกปรกที่ล้างทำความสะอาดดันเข้าไปในบริเวณปลายราก แต่บางครั้งก็อาจหลีกเลี่ยงไม่ได้ ซึ่งถ้าคิดว่ามีความเสี่ยง ทันตแพทย์อาจจะต้องเปิดโพรงที่กรอไว้ก่อนเพื่อให้เกิดการระบาย แล้วจึงใส่ยา และปิดโพรงในครั้งต่อไป แต่จะทำให้การรักษาใช้เวลานานขึ้น เนื่องจากการเปิดโพรงไว้จะทำให้เกิดการปนเปื้อนของเชื้อโรคในน้ำลายได้
อาการปวดหลังการรักษา ถ้าไม่ปวดมากนัก ทันตแพทย์จะทำการล้างทำความสะอาด ขยายรากฟันหรือกำจัดเส้นประสาทให้หมด ซึ่งจะทำให้หายปวดได้ หากมีอาการบวมด้วย อาจต้องเปิดระบายและให้ยาแก้อักเสบร่วมด้วย หลังการรักษาอาจมีอาการปวดซึ่งเกิดจากหลายสาเหตุ เช่น คลองรากฟันยังไม่สะอาดแล้วอุด ขยายคลองรากฟันไม่หมดหรือฟันแตก การรักษาอาจต้องมีการรื้อและรักษาใหม่ หรือผ่าตัดปลายรากฟันหรือถ้ารักษาไม่ได้ อาจต้องถอนฟันในที่สุด
อย่างไรก็ตาม การรักษารากฟันเป็นการรักษาที่ยุ่งยากซับซ้อนโดยเฉพาะอย่างยิ่งการรักษารากฟันกรามซึ่งมีจำนวนคลองรากฟัน 3-4 โพรง ทำให้ยากต่อการรักษา ทั้งหมดต้องอาศัยความร่วมมือทั้งจากผู้ป่วยในการมาตามนัด และทันตแพทย์ที่เชี่ยวชาญ มีความละเอียดรอบคอบ
ขอขอบคุณข้อมูลบางส่วนจาก gotoknow.org
